在第二银河游戏中，武器系统是非常庞大且复杂的。根据武器的攻击方式，大致可以分为：动能武器、能量武器、**和电子战设备四大类。每一类武器又包含了不同的子类型，如激光武器、电磁炮、等离子炮等。对于新手玩家而言，了解各类型武器的基本特性，是选择合适武器的第一步。
动能武器主要通过发射实体弹药来造成伤害，特点是射程长、伤害稳定。但是，由于需要消耗弹药，所以在持续作战能力上略逊一筹。电磁炮和轨道炮是这一类型中较为典型的武器，非常适合于喜欢远距离战斗的玩家。
能量武器则是通过消耗飞船的能量，发射激光或等离子体等高能量粒子造成伤害。它们的优点在于不消耗弹药，可以进行持续的火力输出。由于消耗船只的能量，对船只的能量管理提出了更高的要求。激光武器和等离子武器都属于此类。
**作为一种自主寻敌的武器，以其较高的命中率和爆炸伤害受到一部分玩家的青睐。**的缺点在于装填速度慢，对于快速交换目标的战斗略显不利。
电子战设备不直接造成伤害，而是通过干扰敌舰、提供战场情报或者增强友舰的能力，间接影响战斗的结果。如干扰器、侦查探测器等，适合于喜欢通过策略取胜的玩家。
